Wiedza o alergii i hormonach jest zbyt młoda, ażeby skonfrontowanie wzajemnych zależności mogło dać jednoznaczną opinię. Są dane, że u dzieci chorych na alergozy częściej niż u zdrowych występuje niedoczynność tarczycy, u dorosłych natomiast nadczynność tarczycy pogarsza przebieg chorób alergicznych. Trzustka, jako narząd wydzielania wewnętrznego, ma wpływ na alergię. Chorzy na cukrzycę zapadają bardzo rzadko na astmę, nie chroni ich to jednak przed innymi alergozami.
Dużo uwagi poświęcono zależnościom zachodzącym pomiędzy alergią a hormonami nadnerczy. Najogólniej ujmując nadnercza wydzielają dwa rodzaje hormonów: adrenalinę (rdzeń nadnerczy), która jest podstawowym lekiem hamującym ostre objawy wstrząsu anafilaktycznego i chorób atopowych, i kortykosterydy (kora nadnerczy), których wprowadzenie do lecznictwa spowodowało przełom w leczeniu tych chorób. Istniały teorie opierające się na założeniu, że przyczyną chorób alergicznych jest niewydolność nadnerczy. Starano się udowodnić, że alergia u dzieci dlatego występuje tak często, że do momentu dojrzewania płciowego nadnercza nie osiągają pełni wydolności. Poprawę przebiegu alergoz w ciąży tłumaczono działaniem hormonów kory nadnerczy płodu, który wspomagać miał w ten sposób upośledzone nadnercza matki. Dane te są przekonujące, lecz hipotezie tej zadaje cios fakt istnienia choroby, w której zniszczone nadnercza prawie nie produkują hormonów, a mimo to alergozy występują w niej rzadko. Jest to choroba Addisona, czyli cisawica.
Hormony płciowe mają w alergozach bardziej sprecyzowane znaczenie. Hormonami, które nasilają objawy alergii, są tzw. estrogeny, wytwarzające się w okresie jajeczkowania u kobiet. U wielu kobiet objawy alergii są silnie zaznaczone przed menstruacją i na samym jej początku.
Przekwitanie jest tym krytycznym okresem, kiedy alergia albo znacznie się potęguje, albo wręcz dopiero się ujawnia, gdyż powstaje wówczas wybitne nasilenie działania estrogenów. Fakt, że w ciąży alergozy zazwyczaj, lecz nie zawsze, mają łagodniejszy przebieg, tłumaczy się tym, że produkcja estrogenów jest wtedy znikoma.
Dotychczas mówiłem o mniej lub bardziej dyskusyjnych czynnikach hamujących lub nasilających reakcje alergiczne. Na zakończenie wspomnę jeszcze o dwóch czynnikach, których rola w alergii jest niewątpliwa i niejednokrotnie rozstrzygająca o powstaniu lub przebiegu chorób alergicznych. Jest to zakażenie i układ nerwowy.